No existe en nuestro planeta prácticamente un lugar donde no podamos encontrar bacterias, hallándolas en los sitios más inhóspitos como en la Antártida, en los géiseres de Islandia o en el desierto del Sáhara. Por tanto, están tanto en el exterior como en el interior de los seres vivos.Se estima que en un gramo de arena hay diez millones de bacterias y, solamente, en un mililitro de agua de un río, un millón. Son los seres vivos más numerosos en el planeta, calculándose que hay del orden de cinco quintillones (o cinco billones de trillones), es decir, un trillón de bacterias por cada persona viva.Hay más de 13.000 especies clasificadas, aunque, seguramente, haya muchísimas más sin clasificar, como mínimo otras 30.000, por lo que conocemos una parte muy limitada del mundo bacteriano. Afortunadamente, el 99,994% de las clasificadas hasta la fecha son inocuas para el hombre; es más, muchas son imprescindibles, ya que son responsables del mantenimiento de los ciclos biogeológicos. Además, han intervenido desde siempre en nuestra dieta, produciendo alimentos y bebidas fermentadas, sirva como ejemplo el yogur, o los productos encurtidos. Nuestra microbiota experimenta cambios, como consecuencia de la influencia de múltiples factores, de un modo similar a los que experimenta cualquier órgano de nuestro cuerpo desde la ontogenia a la muerte. Estos cambios pueden ocurrir en cuestión de días, como ocurre durante la ingesta de antibióticos, o a más largo plazo durante la exposición continuada a una dieta.A pesar de ello, el estudio de la microbiota ha permanecido bastante estancado durante la mayor parte del siglo XX debido a que no se habían desarrollado tecnologías que permitieran el análisis adecuado de las complejas comunidades microbianas que habitan en nuestro organismo y de la enorme variedad de interacciones que se producen. Este conocimiento ha cambiado radicalmente en los últimos años con la caracterización del microbioma humano, que supusieron un hito en la historia de la biomedicina.Las Técnicas Ómicas aparecen para contribuir al estudio de la totalidad de microbios existentes en los seres vivos. A este conjunto de microorganismos se les denomina microbiota y los podemos encontrar en el aparato digestivo, en el reproductor, en el respiratorio, en la boca, en la piel, en definitiva, sobre todo en las zonas de mayor humedad del organismo. La relación de simbiosis entre humano y los miembros de la microbiota es el resultado evolutivo de una interacción biológica en la que, normalmente, una o ambas partes obtienen beneficio.Ahora sabemos que el estilo de vida actual ha ejercido un fuerte impacto en nuestra microbiota y que algunos de los microorganismos ancestrales y los genes que estos contienen han ido perdiéndose o disminuyendo.

DIRECTOR DE LA OBRA:Abelardo Margolles BarrosDoctor en Farmacia. Profesor de Investigación del CSIC adscrito al Instituto de Productos Lácteos de Asturias. Grupo de Investigación de Funcionalidad y Ecología de Microorganismos Beneficiosos. AUTORES:Rafael Bargiela BargielaSchool of Natural Sciences, Bangor University, Bangor, Reino Unido.Aitor Blanco-MíguezInvestigador Postdoctoral de la Universidad de Trento. Doctor en Ingeniería Informática por la Universidad de Vigo.Xavier Correig BlancharCatedrático en el Departamento de Ingeniería Electrónica de la Universitat Rovira i Virgili (URV). Doctor Ingeniero de Telecomunicación por la Universidad Politécnica de Catalunya. Mauro D'AmatoProfessor of Genetics and Genomics, School of Biological Sciences, Monash University, Clayton, Australia. Visiting Professor of Gastrointestinal Genetics, Department of Medicine Solna, Karolinska Institutet, Stockholm, Suecia. Ikerbasque Research Professor, Biodonostia Health Research Institute, San Sebastián, España.Giuseppe D'AuriaServicio de Secuenciación y Bioinformática, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO). Consorcio de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Valencia.Manuel Ferrer MartínezInstituto de Catálisis, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Madrid.Koldo García EtxebarriaBiodonostia, Grupo de Genética Gastrointestinal. Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas (CIBERehd). San Sebastián, España.Llucia Martínez PriegoServicio de Secuenciación y Bioinformática, Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO), Valencia.Celia Méndez-GarcíaInstituto de Catálisis, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), Madrid.Andrés Moya SimarroCatedrático de Genética, Universitat de València. Doctor en Biología y Filosofía por la Universitat de València. Director de la Cátedra Institucional FISABIO de la Universitat de València. Vicente Pérez BrocalDoctor en Biología por la Universitat de València. Investigador del Área de Genómica y Salud de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO-Pública), València y del Centro de Investigación Biomédica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), Madrid.Juan Miguel Rodríguez GómezDoctor en Veterinaria. Catedrático de Universidad. Departamento de Nutrición, Bromatología y Tecnología de los Alimentos, Universidad Complutense de Madrid.Lorena Ruiz GarcíaInvestigadora. Doctora en Biología por la Universidad de Oviedo. Miembro del Grupo Funcionalidad y Ecología de Microorganismos Beneficiosos (MICROHEALTH). Departamento de Microbiología y Bioquímica de Productos Lácteos. Instituto de Productos Lácteos de Asturias (IPLA-CSIC).Susana Ruiz RuizDoctora en Biología por la Universitat de València. Investigadora del Área de Genómica y Salud de la Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunidad Valenciana (FISABIO-Salud Pública), València Borja Sánchez GarcíaCientífico Titular del CSIC. Doctor por la Universidad de Oviedo. Consejero de Ciencia, Innovación y Universidad del Gobierno del Principado de Asturias.Juan Evaristo Suárez FernándezCatedrático de Microbiología. Profesor de Microbiología Sanitaria en los Grados de Enfermería y Medicina. Universidad de Oviedo.

PrólogoAutoresCapítulo 1 Tecnologías de secuenciación masiva1.1 Dónde hemos llegado: tres generaciones de secuenciadores1.2 Genomas completos: desde la fuerza bruta a la elegancia1.3 Metagenómica: todas las piezas cuentan1.4 Metataxonomía: papeles para todosCapítulo 2 Del gen a la función: metatranscriptómica, metaproteómica y metabolómica microbiana2.1 Microbiota: evolución y cambios similares a los que experimenta cualquier órgano2.2 Niveles en la jerarquía funcional y técnicas de análisis2.3 Filotipado y metagenómica: ejemplos prácticos que muestran su utilidad2.4 Metaproteómica y metabolómica: ejemplos prácticos que muestran su utilidad2.5 Empresas dedicadas al análisis de microbiota2.6 ConclusionesCapítulo 3 Herramientas bioinformáticas3.1 Metataxonómica y metagenómica: composición, abundancia y variación3.2 Metatranscriptómica: perfiles de expresión genética3.3 Metaproteómica: comparación de perfiles proteicos3.4 Metabolómica: identificación de metabolitos microbianos3.5 Fluxómica: análisis de flujos metabólicos3.6 ConclusionesCapítulo 4 El efecto del genoma del huésped en el microbioma intestinal""4.1 Heredabilidad4.2 Genes candidatos4.3 Análisis de asociación de genoma completo y microbioma4.4 Genes y rutas metabólicas consistentemente asociados con el microbioma4.5 Retos y pasos futurosCapítulo 5 La metabolómica: una herramienta esencial en el estudio del metabolismo y la microbiotaCapítulo 6 Integración de técnicas ómicas en el estudio de la microbiota intestinal6.1 Estabilidad, resistencia, resiliencia y redundancia funcional6.2 Técnicas ómicas aplicadas al estudio de la microbiota intestinalCapítulo 7 Microbiota mamaria7.1 Introducción7.2 Estudios basados en las técnicas de cultivo7.3 Estudios basados en técnicas independientes de cultivo7.4 Ómicas aplicadas al estudio del microbioma de la leche materna: metataxonómica y metagenómica total7.5 Factores que influyen en la composición de microbiota/microbioma de la leche humana7.6 Disbiosis mamarias: mastitis7.7 Otras ómicas aplicadas al estudio del microbioma de la leche materna: proteómica, transcriptómica y metabolómica7.8 Limitaciones, retos y perspectivas futurasCapítulo 8 Ginómica (microbiota vaginal)8.1 Genómica y taxonomía8.2 Genómica y patología8.3 Transcriptómica8.4 Proteómica8.5 Metabolómica8.6 Resumen