Ab 1988 konnte der Unterhof von Diessenhofen durch das Amt für Archäologie umfassend untersucht werden. Der Geländesporn auf dem das Gebäude steht, wurde bereits im Neolithikum (ca. 4000 v. Chr.) besiedelt, in spätrömischer Zeit mit Wehranlagen versehen und im Mittelalter schliesslich als Standort der Stadtburg gewählt. Im Jahre 1294 ist das Ministerialgeschlecht der Truchsessen von Diessenhofen erstmals als Besitzer des Unterhofes nachweisbar, als "in der truchsessen hof Herrn Johannes" eine Urkunde bezeugt wurde. Es ist anzunehmen, dass dessen Vater Heinrich, 1247 erstmals als "dapifer de diezinhovin" genannt, auch schon im Besitz der Burg war. Die ältesten datierten Balken der Anlage haben ein Schlagjahr 1186 und sind heute noch als abgesägte Stummel im Treppenhaus zu besichtigen.