Das Ephrata-Institut, eine intellektuelle Denkfabrik am äußeren Rand des neuen Grenzlands wird vom Kreuzzug angegriffen. Mit Gravitationswaffen wollen dessen Mitglieder das Universum von seinen diversen Glaubensgrundsätzen befreien. Captain Kirk und die Besatzung der U.S.S. Enterprise eilen zur Hilfe und findet sich bald darauf in einem Konflikt mit dem Kreuzzug wieder. Während sich Kirk und Spock zum weit entfernten Heimatplaneten des Kreuzzugs beamen, ist Sulu hinter feindlichen Linien gefangen und Uhura muss die möglicherweise schwierigsten Entscheidungen ihrer Karriere treffen.