Den Schwerpunkt dieser Jahre bilden die Briefe Jacobis und Reinholds vom Frühjahr 1799, die als selbständige philosophische Abhandlungen betrachtet werden können. Außerdem finden wir Fichte in der Verteidigung gegen den Vorwurf des Atheismus. Die Briefe zeigen die religionsphilosophische Position der Wissenschaftslehre.