Bereits in Avignon hatte Kircher begonnen, die damals unentschlüsselten Hieroglyphen Ägyptens zu erforschen. Die Summe seiner sprachwissenschaftlichen und ägyptologischen Erkenntnisse, in kleineren Schriften bereits teilweise veröffentlicht, stellt Kircher in den drei Bänden des OEDIPUS AEGYPTIACUS (Rom 1652-1654) vor. Aus den ihm zugänglichen Dokumenten und Beispielen ägyptischer Hieroglyphen entwickelt er eine umfassende Rekonstruktion ägyptischer Theologie, Politik, Kultur und Sprache. Diese integriert er in den historischen Rahmen der spätantiken und frühneuzeitlichen Philosophia perennis und damit in den weltgeschichtlichen Rahmen des Alten Testaments. Indem er zentrale Göttergestalten des alten Ägyptens mit Göttern des griechischen Pantheon identifiziert und sie in die jüdisch-christliche Genealogie der Urväter einreiht, schreibt er eine Kulturgeschichte der ihm bekannten Welt, die sich in das theoretische und historische System seiner Universalwissenschaft einfügt.